La actividad docente se organiza por módulos de objetivos y aprendizaje. Un módulo se distribuye temporalmente entre 2 y 3 semanas durante los dos primeros cursos. A partir de 3º la distribución temporal está en función de la asistencia clínica a desempeñar. Cada módulo comprende unos objetivos docentes propios de cada asignatura y divididos en unidades temáticas que el ayudante deberá alcanzar. Los contenidos de las diversas asignaturas siguen una integración para evitar la repetición y solapamiento y facilitar la comprensión de los mismos. Por ello, la labor desempeñada por los coordinadores de curso y los coordinadores de asignatura es fundamental
Cada módulo de objetivos de desarrolla en cinco fases o etapas de trabajo:
- Fase 1 o fase teórica: el profesor expone los objetivos del módulo e imparte clases teóricas centrándose en los conceptos más importantes y complejos.
- Fase 2: período de autoestudio por parte del alumno, de prácticas de laboratorio y talleres de habilidades clínicas bajo la supervisión del profesorado.
- Fase 3: desarrollo de seminarios y/o puesta en común de los conocimientos elaborados en las fases anteriores para cada uno de los objetivos y donde el profesor clarifica y corrige los conceptos erróneos o de mayor dificultad en la comprensión.
- Fase 4: periodo de aclaración de dudas presenciales o a través de las plataformas electrónicas, seminarios de resolución de problemas o ejercicios, seminarios de carácter científico, complemento de prácticas en laboratorios, aulas de informática o rotatorios de prácticas en el hospital.
- Fase 5: evaluación integrada de los contenidos de todas las asignaturas que se imparten en el módulo, como parte de la evaluación continua que forma parte del modelo docente.